Многсайтовые проекты удобны, если у вас есть несколько направлений бизнеса, например опт и розница, но обработка обращений происходит в одном месте.
Мультирегиональность удобна, если у вашей компании несколько филиалов в разных городах. Можно продвигаться отдельно по разным городам. Сайты филиалов будут располагаться на своих поддоменах.